Сбор материалов и публикации материалов по Программе начались в 1992 году. Основное внимание Программы вызывали репрессии в отношении активных противников большевиков в начальный период становления советской власти. Именно поэтому работа группы началась с изучения архивов Политического Красного Креста (ПКК; 1918–1922) и Помощи политзаключенным (Помполит; 1922–1938), хранящихся в Государственном Архиве РФ, которые были открыты для использования в начале 1990-х годов. По основному блоку анкет и писем заключенных, хранящихся в фондах ПКК и Помполита, в рамках Программы был составлен алфавитный указатель, которым пользуются сотрудники и посетители ГА РФ.
Примерно в то же время началась работа сотрудников Программы со следственными делами в Центральном архиве ФСБ и в архиве Управления ФСБ по Москве и области, переданном в ГА РФ.

С 1994 по 2012 год были осуществлены следующие проекты:

1. Проект «Судьба политзаключенных-социалистов в период с 1918 по 1938 год». Основная работа группы велась в фондах ПКК и Помполита, а также в архиве следственных дел ГАРФа. Работа по этому проекту, в основном, завершена в 2005 году, многие документы скопированы и переданы в архив НИПЦ «Мемориала». Основные результаты проекта:

• первый вариант «Биографического словаря политзаключенных-социалистов» (см.);
• выступления Л. Должанской на конференции «П. А. Кропоткин и проблемы моделирования историко-культурного развития цивилизации» (Санкт-Петербург, 2002); на юбилейной конференции «Екатерина Павловна Пешкова» (Гос. литературный музей, Москва, март 2005);
• публикация Л. Должанской: «Бюро уполномоченных Политического Красного Креста в России и Российского Красного Креста в Польше. 1920–1937. Уполномоченные Е. П. Пешкова и Стефания Семполовская» (журнал «Новая Польша», 2008, № 6);
• работа, сделанная Л. Должанской по материалам «Русского зарубежного исторического архива» (ГА РФ):

«Наш спор с Вами решит жизнь»: Письма М. Л. Винавера и Е. П. Пешковой к Е. Д. Кусковой, 1923-1936 / [Сост., предисл. и коммент. Л. А. Должанской; Науч. ред. И. В. Чубыкин]. — М. : Братонеж, 2009. — 334 с., ил.;

• публикация обнаруженного Л. Должанской дневника московской школьницы Нины Луговской, дочери арестованного левого эсера С. Ф. Рыбина (дневник стал главной причиной ареста самой Н. С. Луговской и ее осуждения на 5 лет колымских лагерей):

Луговская Н. С. Хочу жить...: Из дневника школьницы. 1932-1937: По материалам следственного дела семьи Луговских /Сост. и подгот. текстов, вступление, заключение: Осипова И.И.. — М. : Формика-С, 2003. — 288 с.

Дневник и переписка Луговской была переизданы в 2004 и 2010 гг. Опубликованы также переводы книги на английский, немецкий, французский, итальянский и португальский языки.

2. Проект «Судьба представителей дворянства и офицерства в годы коммунистического террора». Выявлены и проанализированы опросные листы ПКК, переписка заключенных с ПКК и Помполитом, ходатайства в государственные органы. По этим материалам издана книга, куда, кроме архивных документов, вошли биографиеские справки на политзаключенных:

• Обречены по рождению...: По документам фондов: Политического Красного Креста, 1918–1922. Помощь политзаключенным, 1922– 1937. / [Сост.: Л. Должанская, И. Осипова, подгот. текстов, комментарии и вступ. И. Осипова, ред.: А. Арьев, А. Меленберг]. — М. : Изд-во журн. "Звезда", 2004. — 576 с., ил.
  

3. Проект «Судьбы женщин и детей арестованных в годы коммунистического террора». В фондах ПКК и Помполита выявлены и подготовлены к публикации обращения женщин и детей, у которых по политическим мотивам были репрессированы (сосланы, поражены в правах, находились в заключении или под следствием) мужья и отцы. По архивным материалам издана книга:

• "Дорогая Екатерина Павловна..." : Письма женщин и детей. Письма в их защиту. 1920-1936: По документам фондов: "Московский политический красный крест", "Е. П. Пешкова. Помощь политическим заключенным" / [Сост.: Л. Должанская, И. Осипова; Подгот. текстов, коммент., вступ. Л. Должанская; Науч. ред. Я. Леонтьев]. — СПб. : Журн. "Звезда", 2005. — 448 с., ил.
  

Результаты всех этих проектов за последние годы были существенно дополнены и интегрированы на сайте, который в марте 2012 года был открыт под эгидой «Мемориала» и Государственного Архива России:

• «ЗАКЛЕЙМЕННЫЕ ВЛАСТЬЮ»
  

Помимо упомянутых выше книг, сайт содержит многочисленные документы и систематизированную биографическую информацию о сотнях политзаключенных, чьи анкеты и обращения содержатся в фондах ПКК и Помполита.

В процессе развития от Программы «Судьбы политзаключенных…» отпочковалась другая Программа, также в значительной степени основанная на изучении документов из фондов ПКК и Помполита и материалов следственных дел — «Гонения духовенства и мирян при богоборческой власти».

Руководитель Программы: Ирина Ивановна Осипова.

Основные сотрудники: Алла Ивановна Баринова, Светлана Гавриловна Васильева, Анна Леопольдовна Войцеховская, Лия Абрамовна Должанская, Игорь Васильевич Ильичев, Татьяна Михайловна Лапидовская, Майя Лазаревна Кофман, Раиса Валериевна Оловянникова, Леся Никаноровна Падун-Лукьянова, Лилиана Евгеньевна Сикорская, Татьяна Алексеевна Шапошникова.